Protel99SE提供了模擬/數字混合仿真
，其仿真引擎使用伯克利分校的SPICE3f5/xspice，它可以精確的仿真由各種元器件構成的電路。對於複雜的數字器件，Protel99SE允許使用一種特殊的描述性語言(Digital SimCode),設計者可通過它建立相應的數字器件模型，以供Protel99SE仿真使用。它所執行的分析功能有：

(1)靜態工作點分析(Operating Point):
靜態工作點分析可用於分析直流穩態電路和交流放大電路的靜態工作點。選擇合適的靜態工作點是交流放大電路進行正常工作的前提。

(2)直流掃描分析(DCS)：
直流掃描分析是直流轉移特性分析，允許設置兩個掃描變量，通常第一個掃描變量(主獨立源)所覆蓋的區間是內循環
，第二個掃描變量(次獨立源)掃描區間為外循環。

(3)交流小信號分析(AC Small Signal):
交jiao流liu小xiao信xin號hao分fen析xi是shi一yi種zhong線xian性xing領ling域yu分fen析xi，仿fang真zhen程cheng序xu將jiang首shou先xian分fen析xi計ji算suan電dian路lu的de直zhi流liu工gong作zuo點dian
，以yi確que定ding電dian路lu中zhong非fei線xian性xing元yuan件jian的de線xian性xing化hua模mo型xing參can數shu
，然ran後hou在zai設she計ji者zhe指zhi定ding的de頻pin率lv範fan圍wei內nei，對dui變bian換huan後hou的de線xian性xing化hua電dian路lu進jin行xing頻pin率lv掃sao描miao分fen析xi。

(4)瞬態分析(Transient Analysis):
瞬態分析是一種非線性時域分析方法
，它可以在給定激勵信號(或無任何激勵)的條件下，計算電路的時域響應。它類似於利用示波器觀察各節點電壓或電流的波形。瞬態分析時
，電路的初始狀態允許設計者自行指定。

(5)溫度掃描分析(Temperature Sweep):
溫度掃描分析是指在一定溫度範圍內進行電路參數計算
，從而確定溫度漂移等性能指標。它不能單獨使用
，必須在瞬態分析、直流掃描分析或交流小信號分析時，才允許使用溫度掃描分析。

(6)傅立葉分析(Fourier Analysis):
傅立葉分析是在大信號正弦瞬態分析時
，對輸出的最後一個周期波形進行諧波分析。一個周期為T的函數g(t).

(7)噪聲分析(NOISE)：
zaoshengfenxiketongguohuizhizaoshengpumidutu，yiquedingdianzuzaoshenghebandaotizaoshengduizaoshengtexingdeyingxiang。zaoshengpumiduanmeihezizaoshengqiangduhuizhi，xitongnenggoujisuanxialiezaosheng：輸入噪聲、輸出噪聲和器件噪聲。

(8)傳遞函數分析(Transfer Function)：
傳遞函數分析是在直流工作點的基礎上

，在電路直流偏置附近將電路線性化，從而計算電路的輸入阻抗
，輸出阻抗以及直流增益。

(9)蒙特卡羅分析(Monte Carlo)：
蒙(meng)特(te)卡(ka)羅(luo)分(fen)析(xi)是(shi)一(yi)種(zhong)統(tong)計(ji)模(mo)擬(ni)方(fang)式(shi)，它(ta)是(shi)在(zai)給(gei)定(ding)電(dian)路(lu)元(yuan)器(qi)件(jian)參(can)數(shu)容(rong)差(cha)的(de)統(tong)計(ji)分(fen)布(bu)規(gui)律(lv)的(de)條(tiao)件(jian)下(xia)，用(yong)一(yi)組(zu)組(zu)偽(wei)隨(sui)機(ji)數(shu)求(qiu)得(de)元(yuan)件(jian)參(can)數(shu)的(de)隨(sui)機(ji)抽(chou)樣(yang)序(xu)列(lie)。對(dui)這(zhe)些(xie)隨(sui)機(ji)抽(chou)樣(yang)的(de)電(dian)路(lu)進(jin)行(xing)直(zhi)流(liu)、交流小信號、瞬態分析
，並通過多次分析的結果估算出電路性能的統計分布規律以及電路的合格率
、成本等等。

(10)參數掃描分析(Parameter Sweep):
canshusaomiaofenxiyunxushejizhezaizhidingdefanweinei，yizidingyidezengfusaomiaoyuanjiandecanshuzhi
，takeyiyuqitafenxifangfapeiheqilaishiyong，duidianlusuozhixingdefenxijinxingcanshusaomiao，duiyuyanjiudianlucanshubianhuaduidianlutexingdeyingxiangtigonglehendadefangbian。

另外，Protel99SE還可以方便對波形進行多種函數運算
，如：求平方
、正弦
、對數、導數、反相等。